Il y a cinq méthodes principales, souvent employées de manière combinée après la mise à nu systématique de la victime.
- Les coups : entrée en matière, notamment lors de la fouille des villages ou lors d'arrestations. - La baignoire: asphyxie temporaire de la victime maintenue la tête sous l'eau. Ou le tuyau d'eau : on déverse de l'eau par un tuyau enfoncé dans la bouche de la victime jusqu'à suffocation.
L'Électricité ou gégène, la plus répandue: sur les parties les plus sensibles du corps, on place des électrodes reliées à une génératrice que le tortionnaire actionne à la manivelle.
La pendaison: la victime est suspendue en l'air par les poignets maintenus dans le dos jusqu'à ce que ses épaules et ses omoplates se disloquent. Le viol: le plus souvent avec des objets, morceaux de bois ou bouteilles.

Les bourreaux, on les trouve dans les rangs de la police et notamment dans les services de la DST (Direction de la sécurité du territoire). Puis la torture s'installe dans les habitudes de l'armée jusqu'à devenir une véritable institution. Les officiers de renseignements (OR) en sont les spécialistes. Mais tout soldat, même appelé du contingent, peut être amené à torturer un prisonnier ou à l'exécuter lors d'une « corvée de bois ». À partir de 1957, ce sont les DOP (détachements opérationnels de protection), unités semi ­clandestines de l'armée spécialisées dans le renseignement et détachées partout en Algérie, qui furent les acteurs essentiels de la barbarie organisée

Les victimes sont en premier lieu, les fellaghas ou combattants nationalistes algériens. Mais très vite, tout civil suspecté de les soutenir – c'est-à-dire tout le monde – peut être arrêté, interrogé et torturé. Femmes et adolescents compris. En particulier à partir de la bataille d'Alger (1957), lorsqu'on découvre l'importance du rôle des Algériennes dans le terrorisme. Certains cas deviendront emblématiques, comme celui de Djamila Boupacha, jeune militante du FLN qui, accusée d'avoir transporté des bombes, fut torturée et violée en 1960. Des Français sympathisants de la cause FLN, comme Henri Alleg, furent également confrontés aux méthodes musclées des militaires. Enlevé et torturé par les parachutistes en juin 1957, Maurice Audin, jeune assistant de mathématiques, membre du Parti communiste algérien, n'a jamais été revu vivant.