Il est né en 1869 dans une famille de cultivateurs aisés, établie à Beaufort-sur-Isère. Issu d'un deuxième mariage, il est le quinzième enfant de ce ménage qui en compte seize. Jusqu'à huit ans, il a été un enfant normal, soumis aux tentations cruelles de son âge, dont les oiseaux et les insectes font les frais, mais sans manifester de symptômes particuliers de perversion. Et puis, il est mordu par un chien qu'on abat, car on le dit enragé.
Il s'en faut de dix ans que Pasteur ne mette au point son vaccin antirabique et ces drames mettent les familles affolées à la merci des pires empirismes. Les parents de Joseph conduisent leur fils chez un rebouteux, qui lui administre des médecines de son cru. L'enfant ne sera pas étouffé entre deux matelas. Mais l'âme du petit rescapé est restée fragile. La rage ou la drogue? Le mal, ou bien le remède?

Plus tard, on viendra dire au procès de l'adulte que Joseph Vacher était épileptique, parfois somnambule, et qu'il criait la nuit. Il est de fait qu'on le retrouve, au bout de ses cauchemars de gosse, hagard, grelottant, l'écume aux lèvres. Et qu'il commence à montrer de singulières tendances. Sa puberté, excessive, agitée, n'améliore pas son état mental.
Ses parents, qui tentent de le placer, connaissent des échecs successifs : l'adolescent est taciturne, querelleur, s'entend mal avec ses compagnons de travail. On finit par se dire qu'une vie de rigueur et de piété pourra peut-être discipliner tant d'inquiétants instincts, canaliser vers Dieu ce qui paraît aller au diable.
Il faut chercher longtemps, aller jusqu'à Lyon avant que, finalement, les frères Maristes de Saint-Genis-Laval acceptent le jeune Joseph comme postulant. L'expérience ne dure que deux ans : Joseph sera chassé du couvent après une navrante affaire de moeurs.