Quelques poignées de fanatiques s'obstinaient à tenir la grande mosquée. Des grenadiers durent l'envahir, baïonnette au canon. Longtemps, la lutte se poursuivit à l'intérieur de l'édifice, où des tireurs isolés faisaient feu des galeries supérieures. Il fallut grimper jusqu'aux balcons des minarets pour en débusquer les derniers. Ne voulant pas tomber vivants entre les mains de leurs ennemis, ceux-ci enjambèrent les balustrades et se précipitèrent dans le vide. On entendit le bruit mat de leurs corps venant s'écraser sur le sol.
A dix heures du soir, la révolte était écrasée. Elle avait coûté la vie à trois cents Français, parmi lesquels on comptait des savants, des ingénieurs et des officiers du plus grand mérite. Du côté des insurgés, le nombre des victimes s'élevait à plusieurs milliers
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Bonaparte étendit son pardon à l'ensemble des habitants du Caire. Ceux-ci en furent d'autant plus étonnés qu'ils s'attendaient à subir des représailles terribles. Mais il se montra inexorable envers les pillards, les incendiaires et tous ceux qui avaient commis des crimes de sang.
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Onze cheikhs furent convaincus d'avoir été les instigateurs de la révolte. Cinq d'entre eux, qui avaient pris la fuite, furent condamnés à mort par contumace. Les six autres furent décapités au matin du 14 brumaire, an VII (4 novembre 1798). Barthélémy le Grec, lieutenant du gouverneur du Caire, réussit à capturer les membres de la tribu des Bédouins qui avaient massacré les blessés de la division Reynier. Il leur fit couper la tête et les empila dans des sacs. Ceux-ci furent ouverts en présence du peuple et les têtes exposées pendant trois jours sur la place Esbékieh. Enfin, Bonaparte donna au général Bon l'ordre d'exécuter tous les prisonniers qui avaient été pris en flagrant délit de meurtre ou de brigandage. Leurs corps décapités furent jetés dans le fleuve, qui les emporta vers la mer.
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