Le modus operandi est globalement le même que dans le cas des unités désarmées lors de la prise de la ville. Fitch décrit ainsi une « action », qui eut lieu le 15 décembre :
« À une réunion de notre personnel, ce soir-là, le mot nous parvint de ce que des soldats [japonais) étaient en train de s'emparer de la totalité des 1 300 hommes d'un de nos camps, près de notre quartier général, afin de les fusiller. Nous savions qu'il y avait parmi eux un certain nombre d'ex-soldats, mais Rabe s'était vu promettre par un officier l'après-midi même que leurs vies seraient épargnées.
Ce qu'on allait en faire n'était maintenant que trop évident. Les hommes furent alignés et attachés les uns aux autres par groupes d'une centaine environ, par des militaires armés de baïonnettes ; ceux qui avaient des couvre-chefs se les virent brutalement arracher et jeter à terre et maintenant, à la lueur de nos phares, nous les observâmes, marchant vers leur destin. Pas une plainte ne s'échappait de cette multitude. Nos propres coeurs étaient de plomb. »

c'étaient les soldats chinois — anciens, actuels, potentiels... — que les Japonais voulaient éliminer, physiquement, et ce sont eux qu'ils prétendirent rafler, puis massacrèrent, systématiquement. Quitte à y mêler de très nombreux civils (la Chine ne connut jamais ni service militaire universel, ni mobilisation générale) : quand on avait le temps, ou quand l'officier en charge était un peu plus scrupuleux que la moyenne, un tri sommaire était effectué; mais le plus simple était d'arrêter tous ceux qui auraient pu être soldats, et ce fut très souvent ce qui se passa, d'autant plus que l'état-major nippon surestimait le nombre des soldats encore présents à Nankin. Les hommes adultes, déjà fortement minoritaires furent décimés.