Les années suivantes sont marquées par un resserrement de l'étau chinois. Au plan politique, le gouvernement tibétain perd tout pouvoir. Ce n'est plus qu'un spectre dépendant d'un comité préparatoire contrôlé par le parti communiste; au plan social, la population est confrontée, pour la première fois de son histoire, à une terrible famine. Le fragile équilibre écologique du haut plateau est vite brisé face aux besoins des militaires et colons chinois. De plus, les réformes (redistribution des terres, tentative de sédentarisation des nomades...) engagées par l'occupant et la destruction de monastères provoquent des mouvements de résistance, essentiellement localisés au Tibet oriental. La répression est impitoyable. Des milliers de moines sont tués, les monastères détruits. Les résistants, jusqu'alors isolés, se regroupent et organisent des attaques contre des cibles chinoises. Reculant devant l'Armée rouge, les Khampas affluent vers l'ouest, espérant trouver un soutien à Lhassa. Le frère du dalaï-lama, Gyalo Thondup, entend leur requête et leur permet d'établir un contact avec la CIA (Central Intelligence Agency), l'agence américaine de renseignements. Le message est bien reçu aux Etats-Unis par le président Eisenhower.
En mars 1959, la rumeur de l'enlèvement du dalaï-lama court dans Lhassa. Les Chinois ont, en effet, invité, seul, le jeune souverain à assister à une représentation théâtrale. Spontanément, le 10 mars, des milliers de personnes se rassemblent aux abords du Norbulingka, la résidence du dalaï-lama à Lhassa.
Les jours suivants, la révolte enfle. La foule dénonce l'Accord en dix-sept points, l'occupation chinoise et demande l'indépendance du Tibet. Le 17 mars, les Chinois répliquent en bombardant le Norbulingka. Des milliers de personnes sont tués. Le dalaï-lama, déguisé en militaire, s'enfuit le soir même. Pendant que Lhassa est à feu et à sang, que l'Armée populaire de libération reprend le contrôle de la ville, le dalaï-lama traverse la frontière indienne le 30 mars 1959. Plus de 80000 Tibétains le suivent. Commencent alors les années d'exil.