Une certaine préscience de la modernité
Quand d'autres inventent alors la politique, Lavoisier, dépassé par l'accélération de l'histoire, se cantonne désormais aux questions intéressant la communauté scientifique. Il défend avec acharnement les travaux de l'Académie des sciences jusqu'à sa suppression, le 8 août 1793.
Il promeut des structures nouvelles mieux adaptées à l'évolution de la société comme le Bureau de consultation des arts et métiers ou le lycée des Arts, destinés à intégrer les artisans, et la Société philomathique. II participe à la commission chargée d'établir un système universel des poids et mesures, réclamé depuis longtemps par les savants, ainsi qu'à l'élaboration d'un projet culturel vraiment révolutionnaire, exposé dans les Réflexions sur l'instruction publique (août 1793), qui prévoient l'instauration d'une éducation nationale.
Cependant, malgré son savoir et ses réseaux de relations, on ne fait plus appel à Lavoisier que de façon marginale, comme lors de la mobilisation des savants organisée par Guyton et Prieur de la Côte-d'Or en 1793. Fin septembre, alors que sa situation personnelle est déjà fragilisée, il fait partie de la commission chargée d'adapter son procédé de décomposition de l'eau à la production d'hydrogène pour l'aérostation militaire.
Pour la dernière fois, il travaille aux côtés de ses anciens collaborateurs de la révolution chimique (Fourcroy, Monge, Berthollet et Guyton) qui, eux, ont franchi volontairement le pas de la République.
La mise en accusation de Lavoisier
Deux mois plus tard, les anciens fermiers généraux sont mis en accusation. Lavoisier se constitue prisonnier, après trois jours de réflexion dans la clandestinité. Plusieurs interventions officielles eurent lieu en sa faveur ; elles émanaient de la Commission temporaire des poids et mesures, du Comité des assignats, du Bureau de consultation des arts et métiers et de l'Agence nationale des poudres (l'ancienne Régie), enfin du lycée des Arts. En fait, il est probable que ni Lavoisier ni ses anciens confrères n'aient alors eu véritablement conscience de l'issue fatale...
La condamnation à mort de Lavoisier
Le 8 mai 1794, le Tribunal révolutionnaire condamnait à mort vingt-huit fermiers généraux, chargés de recouvrer les impôts indirects sous l'Ancien Régime, et à ce titre convaincus de complot contre le peuple français. Le jour même, Antoine-Laurent de Lavoisier monta sur l'échafaud : « La Révolution n'a pas besoin de savants», aurait déclaré le juge, refusant de dissocier son cas de celui de ses collègues. Au dire des contemporains, le mathématicien Lagrange s'exclama en apprenant la nouvelle, aussi stupéfiante que prévisible, de cette exécution : « Il ne leur a fallu qu'un moment pour faire tomber sa tête et cent années, peut-être, ne suffiront pas pour en reproduire une semblable. »