Le 5 avril 1945, alors que les troupes alliées avaient déjà pénétré loin à l'intérieur du territoire germanique, Ernst Kaltenbrunner, le chef du Bureau central de la sécurité, ordonna à ses officiers de traduire devant une cour martiale quelques-uns des conjurés du 20 juillet 1944 non encore châtiés. À l'issue d'un audience expéditive, l'amiral Wilhelm Canaris, le général Hans Oster, le chef de la justice militaire Karl Sack, te capitaine Ludwig Gehre ainsi que Dietrich Bonhoeffer se virent condamner à mort, le 8 avril 1945, par le chef de bataillon SS Otto Thorbeck. Le lendemain, ils furent pendus et leurs dépouilles incinérées.

Après la Nuit de cristal, du 9 au 10 novembre 1938, Bonhoeffer lança à l'adresse des croyants cette phrase restée célèbre: «Seul celui qui crie en faveur des juifs a le droit de chanter du grégorien !». Entre-temps, de nombreux membres de l'Église confessante avaient opté pour la voie du compromis envers les autorités nazies. Plus tard, ils prêtèrent serment de fidélité au Führer. Le 28 mai 1936, la direction de l'Église confessante lui avait transmis un mémorandum dans lequel elle requérait, outre des mesures d'ordre cultuel, la dissolution de la Gestapo et la fermeture des camps de concentration. Après un mois passé aux États-Unis, Bonhoeffer retourna en Allemagne le 7 juillet 1939. Par l'intermédiaire de son beau-frère, Hans von Dohnanyi, il côtoya des groupes qui envisageaient d'éliminer le despote et obtint un emploi dans l'Abwehr, Le service du contre-espionnage dirigé par l'amiral Wilhelm Canaris.
Agent et messager, il voyageait beaucoup à l'étranger où il noua des contacts, y compris auprès de gouvernements alliés contre l'Allemagne. En mai 1942, en compagnie du pasteur Hans Schônfeld, il retrouva à Stockholm son ami monseigneur George Kennedy Allen Bell, l'archevêque de Chichester; il enjoignit ce dernier d'informer les autorités britanniques de l'existence d'un plan visant à supprimer Adolf Hitler. Anthony Eden, le ministre des Affaires étrangères, ne jugea pas utile d'aider les adversaires de son ennemi juré»...
Le 5 avril 1943, deux mois et demi après ses fiançailles avec Maria von Wedemeyer (18 ans), Dietrich Bonhoeffer fut cueilli à son domicile berlinois, allée Marienfeld, par deux fonctionnaires en noir qui le conduisirent à la prison militaire de Tegel, où il resta détenu 18 mois sans que la moindre procédure fût engagée contre lui. Le 8 octobre 1944, la Gestapo le transféra à son siège au 8 rue du Prince Albert. Le 7 février 1945, il fut envoyé à Buchenwald et aboutit finalement, le 3 avril 1945, dans le terrible camp de Flossenbürg en Bavière où 73 296 personnes périrent.

Dietrich Bonhoeffer se posa d'emblée en farouche adversaire du régime. Le 1er février 1933, deux jours après la nomination d'Adolf Hitler au poste de chancelier, ce pasteur, né le 4 février 1906 à Breslau en Basse-Silésie, dénonça dans une émission de radio «l'autodéification du pouvoir». L'animateur lui coupa le microphone. À l'annonce, le avril 1933, du boycott décrété par les nazis contre les commerçants juifs à l'instigation de Josef Goebbels Dietrich Bonhoeffer estima que la simple protestation ne suffisait plus, mais qu'il fallait bloquer les rayons de la roue.
En réaction à l'emprise du mouvement des Chrétiens allemands, proche des nazis, qui réclamait un paragraphe sur l'aryanité, Martin Niemôller et d'autres ministres du culte berlinois fondèrent, le 11 septembre 1933, la Ligue d'urgence des pasteurs, à laquelle adhéra rapidement plus de la moitié, soit 7000, des chargés d'âmes de l'Église évangélique. Sous l'impulsion du théologien bâlois social-démocrate Karl Barth et de Martin Niemôller, l'Église confessante, branche dissidente du protestantisme, naquit lors de son synode, du 29 au 31 mai 1934, à Barmen, près de Wuppertal.
Ses responsables confièrent à Dietrich Bonhoeffer la création et l'animation des premiers séminaires, d'abord à Zingst, puis à Finkenwalde, en Poméranie. De 1935 à 1937, le maître de conférence forma des clercs, très impressionnés par son radicalisme. En 1937, Hans Kerrl, le ministre du Reich chargé des questions religieuses, proscrivit la poursuite de ces activités.